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35 séries de 6 échantillons congelés multiplexés (n = 204) ont été analysés sur un appareil de séquençage portable MinION. Une moyenne de 72 800 lectures en single-end d'environ 5 400 pb ont été générées par échantillon. Le basecalling et le démultiplexage ont été effectués en temps réel à l'aide de guppy [3] et les données brutes ont été alignées sur le génome de référence hg19 à l'aide d'un mappeur dédié à la lecture longue, minimap2 [4]. Malgré un pourcentage élevé de lectures alignées (95%), la profondeur de couverture moyenne du génome n'était que de 0, 16X [0X-0, 82X]. Assises de génétique 2022 de. En utilisant une approche combinée dédiée à la détection peu profonde du nombre de copies WGS à l'aide du package R ACE [5] et d'une normalisation du signal 1x, tous les réarrangements précédemment validés à l'aide de puces EPIC ou CGH ont été identifiés. Le score de méthylation des CpG calculé à l'aide de nanopolish [6] a été binarisé par échantillon et comparé à l'ensemble de données de référence sur les sondes (n = 44 000) en utilisant l'algorithme de forêt aléatoire (R package ranger [7]) en utilisant 50 000 arbres.

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Aujourd'hui Cheffe du service de génétique clinique à Rennes, elle apprécie plus que tout la transversalité de sa discipline. « Nous travaillons avec toutes les spécialités de l'hôpital, les généralistes, la médecine de ville, le paramédical… Également en étroite collaboration avec les laboratoires de biologie et de recherche et les associations de patients. C'est aussi une spécialité relativement récente, en constante évolution, qui nécessite de se former en permanence! » Pour elle, être basée en région est loin d'être un handicap. « Nous sommes « une petite discipline ». Aussi, nous sommes en lien permanent avec tous les généticiens français. Assises de Génétique. Tous les mois, nous nous retrouvons à l'Hôpital Necker-Enfants malades AP-HP et depuis peu, à l'Institut Imagine, un centre de recherche et de soins tourné vers l'innovation. C'était un challenge de monter un service de génétique médicale en région, mais avec les moyens de communication actuels et la LGV, tout est facilité. » Une collaboration scientifique exemplaire sur le territoire La collaboration entre les hôpitaux du Grand Ouest est également un atout majeur.

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Sylvie Odent entend bien souligner la collaboration exemplaire sur le territoire en matière de santé: « Nous ne sommes pas les seuls, chacun a sa spécialité et nous sommes tous complémentaires. Il y a dans l'Ouest une vraie volonté de travailler ensemble, pour être plus forts! Et elle existe de longue date, avant même les structurations officielles. » ( *Fédération Hospitalo-Universitaire Génétique Omiques Médecine et Société, coordonnée par le Pr. Stéphane Bézieau du CHU de Nantes et le Pr. Odent, intégrant à la fois des équipes de génétique clinique, des laboratoires de génétique et des équipes (SHS Sciences Humaines et Sociales). Elle entend faire reculer l'errance et l'impasse diagnostiques qui concernent près de la moitié des maladies rares génétiques. Assises de génétique 2022 1. )

Depuis plus de 10 ans, NEB relève les défis du séquençage nouvelle génération (Next-Gen-Seq) avec sa Gamme NEBNext en offrant des solutions qui rationalisent les flux de préparation de librairies, minimisent les quantités d'échantillon initial et améliorent le rendement et la qualité des librairies. Lors de cet atelier aux Assises (Salle Horizons), nous vous proposons de découvrir les résultats obtenus avec les applications suivantes: Small RNA Library Preparation Virginie Marchand PhD, Responsable de la Plateforme Epitranscriptomique et Séquençage (EpiRNA-Seq) UMS2008/US40 IBSLor. Titre: Epitranscriptomique des ARN dans les maladies humaines. NEBNext® Ultra™ II FS DNA PCR-free Library Prep Amel BENDALI PhD, COO & Co-Founder, Inorevia. Titre: Faire mieux avec moins: des préparations de librairies miniaturisées de haute qualité pour du WGS PCR free vers des applications cliniques, grâce à la plateforme multi-omique automatisée Magelia. Assises de génétique 2012 qui me suit. NicE-seq high resolution open chromatin profiling Pierre ESTEVE PhD, Research Scientist III, Genome Biology Division, New England Biolabs, Inc., Ipswich, USA.

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