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Cinq espèces de Pseudomonas sp ont été choisies car elles sont fréquemment rencontrées dans les prélèvements d'eaux d'après les données du laboratoire et celles de la littérature [126]: P. fluorescens, P. putida, P. syringae subsp. syringae et P. stutzeri. Code Nature de l'échantillon Nature de l'analyse Principe de la méthode Référence de la BA5 Culture bactérienne Identification de germes bactériens Spectrométrie de masse de type MALDI- Méthode reconnue, adaptée ou développée (B) Les deux témoins « négatifs » choisis étaient des espèces d'un genre différent mais proche du genre Pseudomonas: Stenotrophomonas maltophilia et Sphingomonas paucimobilis. N° Désignation de la souche N° ATCC N° CIP 1 Pseudomonas aeruginosa 27853 76. 110 2 Stenotrophomonas maltophilia 13637 60. 77T 3 Pseudomonas fluorescens 13525 69. 13T 4 Pseudomonas putida 12633 52. 191T 5 Pseudomonas stutzeri 17588 103022T 6 Pseudomonas syringae subsp. syringae 19310 106698T 7 Sphingomonas paucimobilis 29837 100752T Tableau 27: Souches ATCC utilisées pour la validation de méthode de l'identification par spectrométrie de masse MALDI-TOF 3.
Si elles sont achetées, prêtes à l'emploi, il est important de respecter la date de péremption. Ces géloses sont conditionnées dans deux types de boite de Petri: boite ronde de 90 mm de diamètre pour tester au maximum 7 disques boite carrée de 140 mm pour tester 16 disques. Une utilisation standardisée L'utilisation des milieux Mueller-Hinton et MH-F pour étudier la sensibilité des bactéries aux antibiotiques est standardisée afin de garantir, encore une fois, la reproductibilité des résultats. Elle est présentée en détail par le Comité de l'Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie (CA-SFM) en collaboration avec l' EUropean Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). Ce comité rédige, tous les ans, un guide que vous pouvez télécharger sur le site internet de la SFM. Voici un lien vers le communiqué d'avril 2020 du CA-SFM EUCAST. Il s'agit de: Préparer une suspension d'une turbidité équivalente à celle de l'étalon 0, 5 de Mac Farland en prélevant si possible plusieurs colonies.